フレックスタイム制の導入手順｜対象者・清算期間・コアタイムと時間外労働の数え方の設計表

1．制度の基本を確認する

厚生労働省の手引きは、フレックスタイム制を、一定の期間についてあらかじめ定めた総労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業・終業時刻、労働時間を自ら決めることのできる制度と説明しています。導入要件は、就業規則等への規定と、労使協定で所定の事項を定めることの2点です。就業規則その他これに準ずるものには、始業および終業の時刻を労働者の決定に委ねる旨を定める必要があります。厚生労働省・都道府県労働局・労働基準監督署「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」、厚生労働省「フレックスタイム制とは」。

労使協定で定める事項は、対象となる労働者の範囲、清算期間、清算期間における総労働時間（清算期間における所定労働時間）、標準となる1日の労働時間で、コアタイムとフレキシブルタイムは任意とされています。手引きは、フレックスタイム制は始業・終業時刻の決定を労働者に委ねる制度だが、使用者が労働時間の管理をしなくてよいわけではなく、実労働時間を把握して適切な労働時間管理や賃金清算を行う必要があるとしています。

2．労使協定で決める事項を設計する

対象となる労働者の範囲：手引きは、各人ごと、課ごと、グループごと等さまざまな範囲が考えられるとし、労使で十分話し合い、協定で範囲を明確にするよう求めています。

清算期間：労働者が労働すべき時間を定める期間で、上限は3か月です（2019年4月施行の改正で1か月から延長）。長さに加えて起算日を定めます。

清算期間における総労働時間：いわゆる所定労働時間で、法定労働時間の総枠（1週間の法定労働時間40時間×清算期間の暦日数÷7日）の範囲内で定めます。手引きによると、清算期間が1か月の場合の総枠は、暦日数31日で177.1時間、30日で171.4時間、29日で165.7時間、28日で160.0時間です。週の所定労働日数が5日（完全週休2日）の労働者については、労使協定により「清算期間内の所定労働日数×8時間」を労働時間の限度とすることも可能とされています。

標準となる1日の労働時間：年次有給休暇を取得した際に支払われる賃金の算定基礎となる時間です。対象労働者が年次有給休暇を1日取得した場合は、その日について標準となる1日の労働時間を労働したものとして取り扱う必要があります。

コアタイム・フレキシブルタイム（任意）：設ける場合は開始・終了の時刻を協定で定めます。手引きは、コアタイムの時間が1日の労働時間とほぼ同程度になる場合や、フレキシブルタイムの時間帯が極端に短い場合など、労働者が始業・終業時刻を自由に決定するという趣旨に反する場合には、フレックスタイム制とはいえなくなるため注意が必要としています。コアタイムを設けない場合にも、所定休日はあらかじめ定めておく必要があります。

就業規則の改定手続は就業規則の改定管理表、出社と在宅の使い分けは出社・リモート勤務の業務別判断表とあわせて検討します。

3．時間外労働の数え方を確認する

手引きによると、フレックスタイム制では、1日8時間・週40時間という法定労働時間を超えて労働しても、ただちに時間外労働とはなりません。清算期間における実際の労働時間のうち、法定労働時間の総枠を超えた時間数が時間外労働となります。時間外労働を行わせるためには36協定の締結が必要です。

清算期間が1か月を超える場合は、清算期間全体の労働時間が週平均40時間を超えないことに加え、1か月ごとの労働時間が週平均50時間を超えないことを満たす必要があり、いずれかを超えた時間は時間外労働となります。手引きは、このため繁忙月に過度に偏った労働時間とすることはできないとしています。また、清算期間が1か月を超える場合には労使協定を所轄の労働基準監督署長に届け出る必要があり、違反すると罰則（30万円以下の罰金）が科せられることがあるとされています。清算期間が1か月以内の場合には届出は不要です。

この表は手引きの記載をもとにCareerSync編集部が整理したものです。月別の残業時間から人員の不足を確かめる方法は残業時間から増員を判断する表で扱っています。

4．総労働時間との過不足を清算する

手引きによると、清算期間における実労働時間の合計が総労働時間を超過した場合は、超過した時間分の賃金清算が必要です。不足した場合は、不足時間分の賃金を控除して支払うか、不足時間を繰り越して次の清算期間の総労働時間に合算するかのいずれかとなり、合算する場合は、加算後の時間が法定労働時間の総枠の範囲内である必要があります。

5．架空例：開発部20人に導入する場合

以下は顧客実績ではない架空例です。

6．研究から言えること、言えないこと

Joyceら（2010）のコクラン・レビューは、柔軟な働き方の介入が従業員の健康に与える影響を検討し、基準を満たした10件の研究を対象としました。フレックスタイムを扱った研究は1件で、自己申告の生理的・心理的な健康指標に有意な影響は示されませんでした。著者らは、労働者の裁量と選択を高める介入（勤務シフトの自己決定など）は健康に良い影響を与える可能性があると暫定的に述べつつ、証拠は部分的で方法上の限界があり、慎重な解釈が必要としています。原著（Cochrane Database of Systematic Reviews、PMC掲載版）。

このレビューが対象としたのは海外の研究で、日本の労働基準法にもとづくフレックスタイム制の効果を検証したものではありません。フレックスタイムを直接扱った研究は1件にとどまり、制度を導入すれば健康や生産性が高まると一般化することはできません。本記事では、導入後に利用の実態と業務への影響を確認する理由として参照しています。設計表・確認表・架空例はCareerSync編集部の設計例です。

よくある質問

フレックスタイム制にすれば、残業代の計算は不要になりますか？

不要にはなりません。手引きによると、清算期間における実際の労働時間のうち法定労働時間の総枠を超えた時間が時間外労働となり、実労働時間を把握して賃金を清算する必要があります。

コアタイムは必ず設ける必要がありますか？

コアタイムとフレキシブルタイムは任意です。設ける場合は開始・終了の時刻を労使協定で定めます。コアタイムが1日の労働時間とほぼ同程度になると、フレックスタイム制とはいえなくなるとされています。

清算期間は3か月にしたほうがよいですか？

手引きは、月ごとの繁閑差などの実態を踏まえ、対象者の範囲や清算期間を労使でよく話し合うことが重要としています。1か月を超える場合は労使協定の届出と1か月ごとの労働時間の確認が必要になるため、管理の負担とあわせて検討します。

まず、導入を検討している部署について、決まった時間帯に行う必要がある業務と、時間帯を選べる業務を書き出してください。人員・人件費計画支援では、労働時間制度の選択を、業務量と人員の見通しとあわせて整理します。

出典確認：2026年11月13日。労使協定の内容、時間外労働と割増賃金の計算、特例措置対象事業場の扱いなど個別の判断は、労働基準監督署、社会保険労務士等へご確認ください。本記事は制度の概要を整理したもので、全ての要件を網羅するものではありません。導入設計表、労働時間確認表、架空例はCareerSync編集部の設計例であり、公的な様式や特定企業の実績ではありません。